Christian Thönnes hat Rechtswissenschaften an der Humboldt-Universität zu Berlin studiert. Währenddessen arbeitete er als parlamentarischer Mitarbeiter der Bundestagsabgeordneten Bettina Bähr-Losse. Bei der Gesellschaft für Freiheitsrechte koordinierte er das Projekt Zivilcourage, das gegründet wurde, um den rechtlichen Schutz von Whistleblowern mit den Mitteln der strategischen Prozessführung zu verbessern.
Neben seiner Promotion im Verfassungsrecht beschäftigt er sich weiterhin wissenschaftlich mit rechtlichen Fragen des Whistleblowings.